O Plano de Trabalho Anual da Secretaria Executiva do ATAF para o período 2016-2020 está alinhado com o Plano Estratégico elaborado de acordo com o exercício de Planejamento realizado pelos funcionários, com contribuições e sugestões dos países membros de todas as regiões.
Este plano inclui a projeção financeira, com itens orçamentários para cada um dos programas, atividades, projetos e subprojetos da Secretaria Executiva. Incluía também indicadores operacionais, táticos e estratégicos.
Para o processo de planejamento e seu posterior acompanhamento, a Secretaria Executiva desenvolveu um sistema de informação que permite acumular as atividades até a consolidação de painéis estratégicos e táticos e a geração de insumos para os itens e compartilhamentos orçamentários no sistema contábil. Além disso, foram desenvolvidos sistemas de relatórios e acompanhamento relacionados às ferramentas de planejamento.
